המועצה נקראה על שם ראשון ישוביי המועצה: באר-טוביה. שנוסד כמושבה בשנת 1887, נחרב במאורעות 1929 והוקם מחדש בשנת 1930 כמושב עובדים.
סמל המועצה

סמל המועצה עוצב תוך שילוב של שלושה מרכיבי יסוד חשובים למועצה:
קרניים של פרה – ענף הבקר, כענף חשוב בחקלאות באזור.
חיטה – המבטאת את התבואה שמניבה האדמה
ובאר-מים – שנמצאו באזור.