בשנותיה הראשונות של החברה הושלמה ההקמה של מסוף  איתן בנמל אשדוד ונבנה מסוף המכולות הכרמל בנמל חיפה, והחברה מבצעת בשוטף שיקום ושדרוג של רציפים קיימים בנמלי חיפה אשדוד ואילת, לצד מיזמי תחבורה חיוניים בסביבת הנמלים והקמת מסוף רכבת למטענים.  בשנת 2006, גיבשה החברה בראיה ארוכת טווח, תוכנית אב אסטרטגית לפיתוח הנמלים. הקמתם של הנמלים החדשים בחיפה ובאשדוד שאושרו לקידום ע"י ממשלת ישראל, בהובלת שר התחבורה , ח"כ ישראל כ"ץ. הקמת הנמלים החדשים חיונית לאיתנות  ולצמיחה של המשק הישראלי, הנשען כמעט לחלוטין על נמלי הים, והיא תתן מענה לגידול החזוי בסחר ובהתאמה לקיבולת הנמלית הנדרשת, וכן תאפשר את פקידתן של אניות הענק שנכנסו לקווי הסחר העולמיים ואשר אינן יכולות כיום לפקוד את נמלי ישראל. פיתוח נמלי הים יבטיח בנוסף את תפקודה המיטבי של מערכת הנמלים ואת שיפור השירות ללקוחות הנמלים - התעשייה הישראלית, היצואנים והיבואנים והספנות עם מימוש יעדה המרכזי של הרפורמה בנמלים -

קידום מערכת נמלים תחרותית, מודרנית ויעילה הודות ליצירת תחרות אמיתית בענף , כפי שהמליצה ועדת טרכטנברג, בהמלצותיה לקידום תחרות ולהורדת יוקר המחיה.

בראייה ארוכת טווח החלה החברה לאחרונה בהכנת תכנית אב אסטרטגית לשנת 2048 - שנת המאה למדינה, במטרה להעמיד אופק תשתיות לכלכלת ישראל.

ניהול הנכסים והתשתיות במרחב הנמלים

חברת נמלי ישראל החלה לפעול בפברואר 2005, במסגרת הרפורמה בנמלים שביצעה ממשלת ישראל, לפיה חדלה מלהתקיים רשות הנמלים ובמקומה החלו לפעול 4 חברות ממשלתיות חדשות - חברות לתפעול וניהול הנמלים בחיפה, אשדוד ובאילת, חברת מספנות ישראל בניהול פרטי  וחברת נמלי ישראל שהופקדה על פיתוח תשתיות הנמלים וניהול הנכסים בתחומם.  בראש החברה עומד דירקטוריון בן 9 חברים.

בנוסף על תפקידה המרכזי בתחום הקמת תשתיות נמליות חיוניות לצרכי המשק וקידום תחרות בענף, אחראית החברה על ניהול הנכסים והמקרקעין בתחום הנמלים, והיא שואפת לפעול במתכונת מודל ה- Landlord הרווח בנמלים המודרניים בעולם. מודל שעמד בבסיס השינוי המבני בנמלים, ומבוסס על עקרון ההפרדה בין פיתוח תשתיות לאומיות ,שנעשה ע"י זרוע של המדינה, לבין התפעול השוטף של  המסופים השונים במרחב הנמל, המתבצע על ידי חברות פרטיות מתחרות. הרציונל העומד בבסיס המודל הוא שהפעלה אופטימלית של התשתיות הנמליות ומתן רמת שירות גבוהה ללקוחות תוכל להתקיים רק בסביבה תחרותית , בה פועלים מספר "שחקנים" - שילוב של חברות גלובליות מהסקטור הפרטי, האמונות על מדדי שירות בסטנדרטים בינלאומיים לקידום תחרותיות והתייעלות בענף.  על פי המודל, המדינה היא זו שמחזיקה בבעלות על התשתית האסטרטגית - שלעולם לא תעבור לבעלות גורם פרטי. 

חברת נמלי ישראל רואה יעד מרכזי בהנחת התשתיות שיתנו מענה לסחר הישראלי ויאפשרו את הרחבת הפעילות העסקית במרחב הנמלים תוך ייעול השרשרת הלוגיסטית. ניהול הנכסים בתחומי הנמלים , כולל גם תכנון והקצאה של נכסים הדרושים להמשך הפעילות הנמלית, בראייה משקית ולאומית ארוכת טווח. החברה מעמידה לשימוש חברות הנמל, לתאגידים המורשים, ולגורמים שונים את המקרקעין ו/או המתקנים הנדרשים להפעלת המערכת הנמלית, מכשירה שטחים לוגיסטיים  בעורף הנמלים ואף הקימה את פארק נמלי ישראל - פארק תעשייה ולוגיסטיקה חדש בסמוך לנמל אשדוד ולנמל הדרום המוקם כעת.